Jalan cerita Nanami Chronicles berpusat pada Kagami yang berusaha menghidupkan Nanami si gadis tomboy yang telah dibunuh oleh anggota CIA.
Karena tidak bisa mengembalikan jiwa Nanami yang tersegel di alam kubur ke tubuhnya, Kagami pun membuat Artificial Soul (jiwa buatan) yang terbuat dari energi kegelapan murni yang hanya bisa didapat dari mengorbankan ribuan jiwa manusia.
Nanami yang telah hidup kembali dengan jiwa buatan merasakan sesuatu yang berbeda dari dirinya, semuanya terasa hampa baginya dan ia pun sudah kehilangan ketertarikannya pada dunia.
